Edmund Emil Kemper III sinh ra ở Burbank, California vào ngày 18 tháng 12 năm 1948.[3] Ông là con giữa và là con trai duy nhất được sinh ra bởi Clarnell Elizabeth Kemper (nữ danh Stage, 1921–1973) và Edmund Emil Kemper II (1919–1985).[4][5] Edmund II là một cựu chiến binh trong Thế chiến II, sau chiến tranh, ông đã thử nghiệm vũ khí hạt nhân ở Khu chứng minh Thái Bình Dương trước khi trở về California, nơi ông làm thợ điện.[6] Clarnell là vợ của ông thường phàn nàn về công việc thợ điện "lâu năm" của mình, và sau đó ông nói "nhiệm vụ tự sát trong thời chiến và vụ thử bom nguyên tử chẳng là gì so với việc sống với cô ấy" và Clarnell đã ảnh hưởng đến ông "hơn ba trăm chín mươi- sáu ngày đêm chiến đấu trên mặt trận đã làm được. " [7]

Cân nặng 13 pound (5,9 kg), khi còn là một đứa trẻ sơ sinh, Kemper đã cao hơn một cái đầu so với các bạn cùng lứa.[8] Ngay từ sớm, anh đã có những biểu hiện chống đối xã hội như đối xử tàn ác với động vật: năm anh 10 tuổi, anh đã chôn sống một con mèo cưng; khi nó chết, anh ta đào nó lên, chặt đầu nó và gắn đầu nó lên một cái cọc.[9][10] Kemper sau đó nói rằng anh ta có được niềm vui khi nói dối với gia đình về việc giết con mèo.[11] Năm 13 tuổi, anh ta giết một con mèo khác của gia đình khi anh ta cho rằng nó đang ưu ái em gái mình, Allyn Lee Kemper (sinh năm 1951), hơn anh ta và giữ những mảnh của nó trong tủ cho đến khi mẹ anh ta tìm thấy chúng.[12][13]

Kemper có một cuộc sống <b>tưởng tượn</b>g như đen tối, anh thực hiện các nghi lễ với búp bê của em gái mình, đỉnh điểm là anh bỏ đầu và tay của chúng,[14] và trong một lần, khi chị gái của anh, Susan Hughey Kemper trêu chọc anh và hỏi tại sao anh ta không cố hôn cô giáo của mình, anh ta trả lời: "Nếu tôi hôn cô ấy, tôi phải giết cô ấy trước." [11] Anh cũng kể lại rằng khi còn là một cậu bé, anh đã lẻn ra khỏi nhà, đến nhà cô giáo lớp hai để ngắm cô qua cửa sổ. Anh ấy nói trong các cuộc phỏng vấn sau đó rằng một số trò chơi yêu thích của anh ấy khi còn nhỏ là "Phòng ga" và "Ghế điện", anh ấy yêu cầu em gái của mình trói anh ấy lại và lật một công tắc tưởng tượng, sau đó anh ấy sẽ ngã nhào, và quằn quại trên sàn, giả vờ rằng anh ta đang bị hành quyết bằng cách hít khí gas hoặc điện giật. Anh cũng từng có những trải nghiệm cận kề cái chết khi còn nhỏ. Một lần, khi anh và chị gái đang chơi với nhau, chị của anh cố gắng đẩy anh ra trước một toa tàu, và một lần khác khi cô ấy đẩy thành công anh xuống đáy sâu của một bể bơi, nơi anh suýt chết đuối.[15]

Kemper rất thân thiết với cha mình và bị tàn phá khi cha mẹ anh ly thân vào năm 1957, anh được mẹ Clarnell nuôi dưỡng ở Helena, Montana. Anh có một mối quan hệ rối loạn chức năng nghiêm trọng với chính mẹ mình, một người nghiện rượu độc đoán, thần kinh, người thường xuyên coi thường, làm nhục và lạm dụng anh.[16] Clarnell thường bắt con trai mình ngủ trong tầng hầm bị khóa, vì cô sợ rằng anh ta sẽ làm hại chị em mình,[15] thường xuyên chế nhạo anh ta vì kích thước to lớn của mình [4] —và chế nhạo anh ta là "một kẻ lập dị." [14] Mẹ anh cũng từ chối thể hiện tình cảm với anh vì sợ rằng cô sẽ "biến anh thành đồng tính",[6] và nói với chàng trai trẻ Kemper rằng anh khiến cô nhớ đến cha mình và rằng sẽ không có người phụ nữ nào yêu anh.[9][14] Kemper sau đó đã mô tả mẹ mình là một "người phụ nữ giận dữ bệnh hoạn",[17] và người ta đã mặc định rằng cô ấy bị rối loạn nhân cách ranh giới.[15]

Năm 14 tuổi, Kemper bỏ nhà đi để tìm cách liên lạc và hòa giải với cha mình ở Van Nuys, California.[11] Khi ở đó, anh biết rằng cha mình đã tái hôn và có một đứa con riêng. Kemper ở với cha một thời gian ngắn thì Kemper đến sống với ông bà nội, họ sống trong một trang trại ở vùng núi North Fork, California.[4][18] Kemper rất ghét sống ở North Fork; anh ta mô tả ông của mình là " già yếu ", và nói rằng bà của anh ta "liên tục chế nhạo tôi và ông tôi."